The latest S:N501 focal build is now up, with data from 28th Dec:

We can see new sequences from Italy, Israel, Spain, France, & Ireland in the SE England variant (501Y.V1) & Switzerland in the South African variant (501Y.V2).

1/8

https://t.co/PEU7dhptO6

In 501Y.V1 (SE England variant), we can see 1 new sequence from France & Spain, each. The French sample has a travel history to the UK.

3 new sequences are from Israel (marked 1 & 2). Zooming in on '2' (divergence view) shows they are identical, indicating 1 introduction.

2/8
There are 7 new sequences from Ireland, found roughly in 5 places on the tree (4 are singletons, 3 cluster together - 2nd 'group' from the top).

These indicate at least 5 introductions, but we need to zoom in on the 3 that cluster to see more clearly.

3/8
Zooming in to the 3 that cluster together (divergence view), shows it can be difficult to distinguish introductions sometimes, especially as we expect strong travel links between the UK & Ireland, & may only be sampling the total diversity present in Ireland.

4/8
14 new sequences from Italy are scattered across the tree - some alone & some clustering.

Zooming in on a few clusters shows some seem to be linked, while others are harder to determine.
4 seem to be clearly linked as 1 introduction.

5/8
In 501Y.V2 (SA variant), there are 2 new sequences from Switzerland. As they sit quite separately within this cluster, this indicates two separate introductions to Switzerland.

6/8

https://t.co/6Cux2E3Y6y
Additionally, a new graph showing the proportion of different variants in selected countries is also up.

Note the sharp in increase of N501 (bright pink) at the end of many graphs: this indicates increased interest in sequencing N501 samples.

7/8

https://t.co/AUkR60o0GO
While more sequencing is great, you can see how switching to preferentially sequencing N501 samples will distort our ability to track other variants, both current & emerging.

Long-term, we need coordinated & regular sequencing of many samples to track #SARSCoV2 variants!

8/8
For those for whom it's helpful, there's also a new 'N501-noUK' build up which reduces the number of UK sequences.
*Importantly* one /should not/ use this tree to discern connections between sequences - use in conjunction with the full N501 tree!

https://t.co/9md0yn9Qgp

9/8
Notably, in the '501-noUK' build, an Israeli sequence seems to 'stick out' from the main 501Y.V1 cluster - we've already been in touch with Israeli scientists & there issues with this sequence (mixed base frequencies at some sites) - do not read much into its position!

10/8

More from Dr Emma Hodcroft

🎉Happy New Year!🎉

To kick off 2021, here's an update on:
- S:N501 variants (501Y.V1/V2) with data from 31 Dec 2020
- 69/70del variants
- 20A.EU1 variant (most prevalent variant in Europe)

(Here are some fireworks that look a bit like phylogenies! 🎆)

1/23


The latest sequences from 31 Dec show new sequences in the S:N501Y.V1 variant (originating from SE England) from Netherlands, Denmark, Australia, Italy, Canada, the USA, Germany, Switzerland, & India.

2/23

S:N501 link
https://t.co/TfHfPgBEBS

Image link
https://t.co/3aCKv1pAcI


Canada, Germany, & Switzerland all have sequences that fall in 501Y.V1 for the first time, scattered across the tree.

3/23


The USA also has its first 2 sequences that fall in 501Y.V1, from Colorado & California. India also had its first 3 sequences, also from different regions.

In both cases, the sequences are not connected, indicating separate introductions.

4/23


In countries with previous sequences:

6 new sequences from Netherlands, in orange/yellow (green are older).
1 is clearly separate - zooming in (& in divergence view, coloured by country) it is harder to determine the relationship between the others.

5/23

More from World

You May Also Like

#ஆதித்தியஹ்ருதயம் ஸ்தோத்திரம்
இது சூரிய குலத்தில் உதித்த இராமபிரானுக்கு தமிழ் முனிவர் அகத்தியர் உபதேசித்ததாக வால்மீகி இராமாயணத்தில் வருகிறது. ஆதித்ய ஹ்ருதயத்தைத் தினமும் ஓதினால் பெரும் பயன் பெறலாம் என மகான்களும் ஞானிகளும் காலம் காலமாகக் கூறி வருகின்றனர். ராம-ராவண யுத்தத்தை


தேவர்களுடன் சேர்ந்து பார்க்க வந்திருந்த அகத்தியர், அப்போது போரினால் களைத்து, கவலையுடன் காணப்பட்ட ராமபிரானை அணுகி, மனிதர்களிலேயே சிறந்தவனான ராமா போரில் எந்த மந்திரத்தைப் பாராயணம் செய்தால் எல்லா பகைவர்களையும் வெல்ல முடியுமோ அந்த ரகசிய மந்திரத்தை, வேதத்தில் சொல்லப்பட்டுள்ளதை உனக்கு

நான் உபதேசிக்கிறேன், கேள் என்று கூறி உபதேசித்தார். முதல் இரு சுலோகங்கள் சூழ்நிலையை விவரிக்கின்றன. மூன்றாவது சுலோகம் அகத்தியர் இராமபிரானை விளித்துக் கூறுவதாக அமைந்திருக்கிறது. நான்காவது சுலோகம் முதல் முப்பதாம் சுலோகம் வரை ஆதித்ய ஹ்ருதயம் என்னும் நூல். முப்பத்தி ஒன்றாம் சுலோகம்

இந்தத் துதியால் மகிழ்ந்த சூரியன் இராமனை வாழ்த்துவதைக் கூறுவதாக அமைந்திருக்கிறது.
ஐந்தாவது ஸ்லோகம்:
ஸர்வ மங்கள் மாங்கல்யம் ஸர்வ பாப ப்ரநாசனம்
சிந்தா சோக ப்ரசமனம் ஆயுர் வர்த்தனம் உத்தமம்
பொருள்: இந்த அதித்ய ஹ்ருதயம் என்ற துதி மங்களங்களில் சிறந்தது, பாவங்களையும் கவலைகளையும்


குழப்பங்களையும் நீக்குவது, வாழ்நாளை நீட்டிப்பது, மிகவும் சிறந்தது. இதயத்தில் வசிக்கும் பகவானுடைய அனுக்ரகத்தை அளிப்பதாகும்.
முழு ஸ்லோக லிங்க் பொருளுடன் இங்கே உள்ளது
https://t.co/Q3qm1TfPmk
சூரியன் உலக இயக்கத்திற்கு மிக முக்கியமானவர். சூரிய சக்தியால்தான் ஜீவராசிகள், பயிர்கள்